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Siehe auch http://www.shaker.de/shop/978-3-8440-5156-8

Siehe auch http://www.kraeftcollections.de/

vollständige PowerPoint Präsentation der bioinformatischen Verfahren siehe (and English translation see) www.academia.edu Michael Kraeft

 

 

Die mit den Bänden 1 bis 5 vorerst vollständige Folge der

Bivalvia - Bivalves - Muscheln

entstand als methodischer Beitrag zur Bearbeitung des

„Treatise on Invertebrate Paleontology, Part N, Mollusca 6, 3 vols., directed and edited by Raymond C. Moore, The Geological Society of America and The University of Kansas, 1969 and 1971".

  

In den „Bivalvia" werden biologische, paläontologische, geologische und bioinformatische Beobachtungen an Muscheln sowie einigen anderen Tieren und Pflanzen beschrieben, die im Laufe vieler Jahre an Stücken aus unserer Sammlung und unter Verwendung der verfügbaren Datenbanken des National Center for Biotechnology Information NCBI und der U.S. National Library of Medicine sowie des European Molecular Biology Laboratory (EMBL) mit dem European Bioinformatics Institute (EBI) und durch Nutzung der bei uns und im Internet verfügbaren Literatur gewonnen wurden.

  

Der Text der fünf Bände ist einfach verständlich geschrieben; die verwendeten Programme sind als Quellprogramme in FPC in Anhängen beigefügt. Neben den biologischen und paläontologischen Ergebnissen sind beispielhaft eine Fülle von Methoden der Angewandten Mathematik zu finden, die auch in anderen Bereichen von Nutzen sein können.

  

In Band 1 werden bekannte Taxa (Gruppierungen) der Muscheln, wie die Inoceramiden, Trigonien, Chamiden und Pholadomyen einführend vor allem im Hinblick auf die Taxonomie und Phylogenese behandelt. Ergänzend sind einige Gedanken zur Homologie (gleiche Eigenschaften durch direkte Verwandtschaft) und Analogie (ähnliche Eigenschaften ohne unmittelbare Verwandtschaft) am Beispiel der Modiomorphen und Pteriomorphen sowie zu der davon abhängigen Gültigkeit der Phylogenese und Taxonomie festgehalten. Abschließend werden im Text einige ausgewählte Faunen und Paläofaunen an Beispielen beschrieben.

  

Band 2 ist nach einer Betrachtung über Analogien von Muscheln, anderen Mollusken und Arthropoden sowie Beispielen von organogenen Hartteilen wie auch die weiteren Bände der Bioinformatik gewidmet. Dafür werden die heute in größerer Zahl in Datenbanken verfügbaren vollständigen DNA-Sequenzen der Mitochondrien nach einer dafür entwickelten Methode untersucht. Dabei werden die Sequenzen mit Einserschritten in aufeinander folgende Tripel (aus drei Basen), Quadrupel (aus vier Basen) oder allgemein n-Tupel (aus n Basen) abgebildet, deren relative Häufigkeiten bestimmt und von verschiedenen Arten grafisch beziehungsweise mit numerischen Verfahren in Beziehung gesetzt werden. So werden mit der Tripelmethode zum Beispiel ausgewählte Solemyacea und Unionacea, Arcacea, Pteriacea und Pectinacea sowie verschiedene Veneroida und Myoida miteinander verglichen.

        

In Band 3 werden die Analyse der mitochondrialen Genome der Veneridae und Veneroida nach dem Tripelverfahren, Modifikationen des Tripelverfahrens, die Sequenzanalyse des mitochondrialen Genoms, die Analyse der mitochondrialen Genome der Mytilidae und Pectinidae, Pteriomorphia sowie Unionoida nach dem Tripelverfahren, eine Diskussion der grafischen Differenzdarstellung sowie die Mitochondrien und deren Gene einführend beschrieben; in einem Anhang sind Tabellen der Ergebnisse bei Anwendung des Tripelverfahrens unter Nutzung von Basen, invertierten Basen und durch Mittelwertbildung berechneten Basenpaaren für die Bivalvia sowie Untersuchungen der mitochondrialen Genome nach dem Tripelverfahren der Aves (Vögel) und Reptilia, Iguanidae und Falconiformes sowie „Pflanzen“ zu finden.

  

Band 4 beschreibt insbesondere das Quadrupelverfahren. Es werden die Bivalvia im Vergleich mit einigen Gastropoda, Annelida, Brachiopoda, Phoronida, Bryozoa und Crustacea, Summen der Minima der Häufigkeiten von gleichen Basenpaartripeln im Vergleich verschiedener Arten, die Beziehungen der Bivalvia, Pteriomorphia, Veneroida sowie Unionoida nach dem Quadrupelverfahren, die Zusammenfügung von Genomteilen, ein Vergleich des Tripel-/ Quadrupelverfahrens mit dem Sequenzalignment und die morphologischen Beziehungen der Rudisten und Brachiopoden beschrieben; in einem Anhang sind eine statistische Betrachtung, die vergleichende Untersuchung von Bacteria und Archaea nach dem Quadrupelverfahren sowie weitere Anmerkungen zu finden.

  

Band 5 ist der letzte Teil welcher sich mit den Grundlagen der n-Tupelmethode befasst. Das Hauptthema ist die Untersuchung der mitochondrialen Genome der Bivalvia nach dem Tripel- und Quadrupelverfahren mit zusätzlicher Berechnung der Minima der n-Tupelhäufigkeiten von ausgewählten Gruppierungen der untersuchten Arten. In diesem Band werden die modifizierten vollständigen mitochondrialen Genome der Hominiden, gewichtete Quadrupel der mitochondrialen Genome der Hominiden, die mitochondrialen Gene der Bivalvia, gegenseitige Abhängigkeiten der  Abweichungssummen der Tripelhäufigkeiten aus Basen oder Basenpaaren der Bivalvia, die Summen der Häufigkeitsminima der Basen- beziehungsweise Basenpaartripel der Pteriomorphia, Veneroida und der Unionoida sowie ein Versuch der Interpretation aller bisheriger Ergebnisse der Bivalvia nach der n-Tupelmethode dargestellt; in einem Anhang sind zur weiteren Prüfung der verwendeten Verfahren kurz gefasste paläontologisch relevante Untersuchungen von ausgewählten Hominiden, anderen Chordaten, Bakterien sowie Viren nach dem Quadrupelverfahren mit verschiedenen Auswertungen zu finden. Es folgen einige Hinweise und Anmerkungen.

  

Für die fernere Zukunft sind weitere Bände der Bivalvia - Bivalves - Muscheln mit der Beschreibung ausgewählter Taxa geplant. Dies ist allerdings erst dann sinnvoll, wenn in wesentlich größerem Umfang mitochondriale Genomsequenzen der Bivalvia zur Verfügung stehen. Eine Erweiterung der Untersuchungen ist der oben genannte Band „Animalia - Animals - Tiere, Ähnlichkeiten von mitochondrialen Genomen nach dem Quadrupelverfahren", in dem die Arten ausgewählter Tiergruppen auf ihre Ähnlichkeit und damit taxonomische Zusammengehörigkeit geprüft werden.

 

Seite     1 - 168: Uwe Kraeft & Michael Kraeft, Bivalvia - Bivalves - Muscheln 1, (2015), Shaker Verlag, Aachen.

Seite 169 - 304: Uwe Kraeft & Michael Kraeft, Bivalvia - Bivalves - Muscheln 2, (2016), Shaker Verlag, Aachen.

Seite 305 - 467: Uwe Kraeft & Michael Kraeft, Bivalvia - Bivalves - Muscheln 3, (2016), Shaker Verlag, Aachen.

Seite 469 - 606: Uwe Kraeft & Michael Kraeft, Bivalvia - Bivalves - Muscheln 4, (2017), Shaker Verlag, Aachen.

Seite 607 - 747: Uwe Kraeft & Michael Kraeft, Bivalvia - Bivalves - Muscheln 5, (2017), Shaker Verlag Aachen.

 

Band 1:

http://www.shaker.de/shop/978-3-8440-3889-7

 

Band 2:

http://www.shaker.de/shop/978-3-8440-4505-5

 

Band 3:

http://www.shaker.de/shop/978-3-8440-4640-3

 

Band 4:

http://www.shaker.de/shop/978-3-8440-4961-9

 

Band 5:

http://www.shaker.de/shop/978-3-8440-5337-1